El programa se basa en la constante lucha entre los Autobots, liderados por Optimus Prime y los Decepticons, liderados por Megatron y quienes buscan hacerse con todas las fuentes de Energon para dominar no solo Cybertron sino también el Universo. La historia muestra como en su búsqueda ambos Bandos terminan luchando en la Tierra y como sus conflictos afectan a los habitantes de esta.
Primera Temporada
Cuando el Arca parte de Cybertron hacia un destino desconocido, en medio de un camino de asteroides los Decepticons los atacan, el arca indefensa es abordada por los Decepticons y los Autobots sin muchas opciones empiezan una batalla con los Decepticons dentro de su nave, luego el arca con los decepticons y Autobots a bordo se estrella contra un volcán inactivo en Mt. St. Hillary en el estado de Oregon en el país de los Estados Unidos de América, cayendo ambos bandos en un éxtasis de 4 millones de años.En 1984, luego de la erupción del volcán, se reactiva la computadora principal de la nave, Teletran 1, que con suficiente energía manda una sonda de baja altitud y empieza a scannear los vehículos de la tecnología primitiva Humana, tales como Jeeps, Camiones, Pistolas, Aviones, etc. Teletran 1 por tener poca energía solo repara al robot más cercano quien desafortunadamente es un Decepticon llamado Skywarp, quien luego hace que la computadora solo repare a los Decepticons, Megatron al ver que sus enemigos parecen estar eliminados los deja y se dispone a reunir suficiente energía para conquistar Cybertrón, mientras salen de la nave Starscream por error hace que Teletran 1 repare un Autobot, afortunadamente fue Optimus Prime, y luego al resto de los Autobots, Optimus Prime sale de la nave dispuesto a destruir a los Decepticons durante esto conoce a la raza dominante del planeta, los Humanos.
Segunda Temporada
Megatron y sus Decepticons no fueron destruidos y una vez más han vuelto para continuar sus envíos de energías a Cybertron, a la vez consigue encontrar el Corazón de Cybertron que servía para propulsar su antigua nave, el Nemesis; armado con esta busca destruir a los Autobots, sin embargo la piedra es finalmente destruida por los Autobots Perceptor, Brawn y Bumblebee; sin embargo ese es solo una de las muchas oportunidades que consigue Megatron para lograr sus planes y además destruir a los Autobots, ya sea a través de aliados humanos como Sean Berger, construcción de bases militares, búsqueda de nuevos aliados como los Stunticons, los combaticons o los nuevos Seekers y Triplechangers.´Shockwave en Cybertron a la vez ha descubierto que muchas veces han robado sus cubos de energía por un grupo de autobots hembras comandadas por Elita One hasta que un día les pone una trampa y Optimus Prime es obligado a volver a Cybertron, tras miles de años separados. Elita One vuelve a ver a su amado Optimus Prime, pero se ven obligados a separarse nuevamente debido a la guerra y a los ejércitos que cada uno debe comandar tanto en la Tierra como en Cybertron. Alpha Trion, para ayudar a la causa Autobot, es absorbido por Vector Sigma para servirle de llave a Optimus Prime y así crear a los Aerialbots; a la vez Optimus llama nuevas tropas como lo son Hoist, Tracks, Perceptor, Powerglide, los Protectobots entre otros. A pesar de los esfuerzos de los Autobots la batalla se encuentra muy pareja y aún está muy lejos su final.
Intro y Ending Temporada 1
Intro y Ending Temporada 2
